В місцевості, де розташоване Підгородне, на березі Кільчені були виявлені кургани епохи міді—бронзи, які відносяться до трипільської культури, а також скіфів, сарматів і кочівників 11—14 століть. Розкопки проводились I. Ковальовою у 1973 році.
Перші відомі поселення виникли на території сучасного Підгородного на початку 17 століття. Спершу тут були зимівники козаків та військової старшини із запорізького містечка Стара Самара, відом приблизно з 1600 р. як Богородицькі хутори. У 1688 році після спорудження на місці Старої Самари Богородицької (Усть-Самарської) фортеці і заснування там російської колонії-посаду сюди переселилося багато козаків.
За Прутською угодою 1711 року, Усть-Самарська фортеця була зруйнована і російські війська відступили за річку Оріль. До 1735 року ці землі були під протекторатом Кримського ханства, а тоді знову перейшли до Російської імперії.
Після зруйнування 1775 року Запорізької Січі цю місцевість знову заселили запорожці.
У 1776 році, при впадінні річки Кільчень в річку Самару, за розпорядженням Азовської губернської Канцелярії, було вирішено заснувати місто Катеринослав (так званий Катеринослав І або Кільченський).
У 1778 році запорозькі хутори були об’єднані у державну військову слободу Підгородну. Назва була пов’язана із розташуванням поблизу губернського міста Катеринослава — «під го́родом». Населення слободи у 1782 році становило 896 осіб.
У 1784 році через несприятливі кліматичні умови й часті хвороби, за наказом Катерини ІІ Катеринослав перенесли на правий, більш високий та сухий берег Дніпра, а Катеринослав І перейменувати у Новомосковськ — центр Новомосковського повіту. Це сповільнило розвиток Підгородного, яке мало бути частиною Катеринославу Кільчевського.
1789 року ближче до гирла Кільчені було засновано німецьку колонію Кронгартен, яка поширилась і на прилеглий острів між Самарою і Кримкою.
Козацьке населення слободи було включене до Катеринославського козацького війська, після його ліквідації у 1796 році військових жителів Підгородного переселили на Кубань, а решта отримали статус державних селян.
За переписом 1826 року в Підгородному налічувалось 180 дворів з населенням 1 044 жителі.
У 1856 році прокладено перше у Катеринославській губернії кам’яне шосе довжиною 9 верст між Катеринославом і Підгородним.
У 1886 році Підгородне було центром Підгороднянської волості Новомосковського повіту з 3328 мешканцями, 543 дворами. Тут було волосне правління, православна церква, єврейський молитовний будинок, школа, пошта (поштова станція), 3 готелі, 4 магазини (лавки), ярмарок, базар щосереди й щоп’ятниці.
